Agencija za obalni linijski pomorski promet utemeljena je Odlukom Vlade Republike Hrvatske, a sukladno Odredbama Zakona o prijevozu u linijskom i povremenom obalnom pomorskom prometu, što ga je Hrvatski sabor donio na sjednici održanoj 10.ožujka 2006. godine.
Osnovna zadaća Agencije su svi poslovi vezani uz davanje koncesija za obavljanje javnog prijevoza na državnih brodskim, brzobrodskim i trajektnim linijama. To znači da Agencija raspisuje javne natječaje, sklapa ugovore o koncesijama, te kontinuirano nadzire provedbu ne samo koncesijskih ugovora, nego i Zakona u cjelosti.
Pripreme za osnutak Agencije za obalni linijski pomorski promet započele su u ljeto 2006. godine, a najveći dio posla obavio je njezin prvi ravnatelj kap. Ivan Franičević – Aga, tada još i vrlo aktivni pomoćnik ravnatelja Lučke uprave Split i glavni operativac splitske luke. Bio je to težak početak jer slično regulatorno tijelo nije nikad postrojalo ne samo u Hrvatskoj, nego ni na širim prostorima Jadrana.
Uz sve teškoće Agencija je već 1.listopada počela raditi u punom sastavu. Nakon provedenoga javnoga natječaja uz ravnatelja kap. Ivana Franičevića Agenciju čine:
- poslovna tajnica Vedrana Bilić
- voditelj službe za informiranje Marijan Žuvić
- rukovoditelj operativno-tehničkih poslova kap.Ivan Jelavić-Šako
- rukovoditelj financijsko-komercijalnih poslova Marijana Hrženjak
- rukovoditelj pravnih, kadrovskih i općih poslova Paula Vidović Meštrović
Prvih mjesec dana Agencija je radila u iznajmljenim prostorima tvrtke Jadroplov na Obali kneza Branimira, a od 1.studenoga 2006. godine je u svojim prostorima u Ulici grada Antofagaste 6. U samo nekoliko mjeseci intenzivnoga rada taj je dotad nedovršeni i zapušteni prostor pretvoren u ugodno mjesto za svakodnevni rad, uređen u najvećoj mjeri „s okusom mora“.
Prvi radni dan, 1.listopada 2006. godine.
S lijeva nadesno: Vedrana Bilić, Ivan Jelavić Šako, Ivan Franičević, Marijan Zuvić, Marijana Hrženjak i Paula Vidović Meštrović
Radom Agencije upravlja Upravno vijeće koje čine predsjednik i šest članova, a koje, na prijedlog ministra mora, turizma, prometa i razvitka imenuje i razriješava Vlada Republike Hrvatske. U sadašnjem Upravom vijeću su:
- Predsjednik kap.Mario Babić, Ministarstvo mora, prometa i infrastrukture
- Zamjenik predsjednika Josip Borić, Ministarstvo mora, prometa i infrastrukture
- Ivica Mladineo, Ministarstvo financija RH
- Mato Botica, Udruga hrvatskih pomorskih brodara 'Mare Nostrum'
- Denis Ikić, tajnik Gospodarske komore Zadarske županije
- Goran Begović, Hrvatski registar brodova
- Vladimir Svalina, predsjednik Sindikata pomoraca Hrvatske