Agencija za obalni linijski pomorski promet je samostalna pravna osoba, osnovana 1. listopada 2006. godine odlukom Vlade Republike Hrvatske, a temeljem Zakona o prijevozu u linijskom i povremenom obalnom pomorskom prometu kojega je Sabor RH donio 10. ožujka 2006. godine. Cilj utemeljenja Agencije jest stvaranje glavnog regulatornog tijela Republike Hrvatske o svim pitanjima linijskog putničkoga prometa na Jadranu.
Najznačajniji posao Agencije jest raspisivanje javnih natječaja za dodjelu koncesija na svim državnim linijama u javnom obalnom pomorskom prometu, te nadzor nad kvalitetnim korištenjem sredstava koji se iz proračuna RH izdvajaju za održavanje pomorskih veza otoka s kopnom.
Agencija je utemeljena sukladno preporuci Europske komisije tijekom pregovora o pristupanju Republike Hrvatske Europskoj uniji. Prilikom screeninga Poglavlja 14. ' Prometna politika' u Bruxellesu je ukazano na potrebu osnivanja regulatornog tijela kao što je uobičajeno u članicama EU koje koncesioniranju i subvencioniraju javni obalni pomorski promet.
Radom Agencije upravlja Upravno vijeće koje čine predsjednik i šest članova, a koje, na prijedlog ministra pomorstva, prometa i infrastrukture imenuje i razriješava Vlada Republike Hrvatske.
Vlade Republike Hrvatske je na zatvorenome dijelu 24. sjednice, održane 3. svibnja 2012. godine, uz dobiveno pozitivno mišljenje Državnog ureda za upravljanje državnom imovinom, razriješila dotadašnje Upravno vijeće Agencije koje su činili predsjednik kap. Mario Babić i članovi Josip Borić, Ivica Mladineo, Denis Ikić, Goran Begović, Mato Botica i Vladimir Svalina, te je imenovala novoga predsjednika i članove.
U novome sazivu Upravnoga vijeća Agencije su:
- Predsjednik kap.Boris Matošić, Ministarstvo pomorstva, prometa i infrastrukture
- Zamjenica predsjednika Ksenija Košćević Čuvalo, Ministarstvo pomorstva, prometa i infrastrukture
- Hrvoje Radovanić, Ministarstvo financija
- Mato Botica, Udruga hrvatskih pomorskih brodara 'Mare Nostrum'
- Denis Ikić, HGK – Županijska komora Zadar
- Goran Begović, Hrvatski registar brodova
- Vladimir Svalina, Sindikat pomoraca Hrvatske
Tajnica Upravnog vijeća je Paula Vidović, Agencija za obalni linijski pomorski promet